ну я пока не наблюдаю противоречия то?
у Вас по любому на эту полату попадает или 5 вольт или 3,3 ( 2 пиновый белый разьём) -ну вот от них оно и питается....
1,25 вольта нужно только для питания ядра FPGA ( Я невижу какой там Циклон стоит или что)
гляньте овцелографом частоту на герераторе 27 мег
ну и бывает что вых трансформатор убивает статикой
если видимых разрушений и перегревов невидно -то это программерские уже дела тогда
далее
возможно или контроллер(Атмега) почему то не заливает конфигурацию в Плис ( Циклон помоему-невидно)
или сам Циклон -ВСЁ
но думается мне что все проще -как и писал в начале или нет пральных 5 вольт ( или 3,3 вольт) - или сгорела паутинковая намотка в вых трансформаторе)
попробуйте ещё тупо поставить байонетный разьем на незапаяный выход - это копия потока в этом дизайне