В потоке присутствует вся необходимая информация, EMM PID-ы описаны в CAT таблице и в потоке подаваемом на D9824 они есть, наверное проблема в том что их два, D9824 видимо не предполагает что такое возможно, на ECM PID-ы, я полагаю, ссылаются PMT таблицы каждого канала, в потоке они (PID-ы) присутствуют.
провёл эксперимент:
I
1. Подал на ASI выход каналы с EMM PID 90
2. Добавил каналы с EMM PID 500
Результат: Дескремблируются с EMM PID 500
II
1. Подал на ASI вход каналы с EMM PID 500
2. Добавил каналы с EMM PID 90
Результат Дескремблируются с EMM PID 90
Похоже имеет значение порядок формирования таблиц (таки да, нижний берёт).